O Departamento de História tem sua origem na Divisão de História Marítima do Brasil, criada em 1937, no Estado-Maior da Armada (EMA). Esta Divisão era responsável pela organização e análise dos títulos e documentos existentes na Biblioteca e no Arquivo da Marinha, visando à escrituração da História Naval brasileira.
Possui as divisões de: História Marítima e Naval, Pesquisas Históricas e Arqueologia Subaquática.
Tem como missão: supervisionar o estudo, a pesquisa e o registro da história marítima e naval brasileira, em seus múltiplos aspectos, e os eventualmente ligados à estrangeira; coordenar a produção de volumes e tomos da História Naval Brasileira, da Revista Navigator e outras publicações de registro da história administrativa da Marinha, dos navios, estabelecimentos navais e biografias; propor os calendários de eventos históricos da MB; promover intercâmbios com órgãos nacionais e estrangeiros, e eventos culturais relacionados com as atividades-fim do Departamento; e supervisionar e fiscalizar, as atividades relativas a Arqueologia Subaquática e História.